口腔菌系是由口腔中各种细菌共同组成的。口腔中的细菌种类繁多，可以这样说，空气中有多少种细菌，口腔中就有多少种细菌。除此之外，口腔细菌还可来源于水和食物。

有专家作过研究，认为口腔中的细菌具有致病性的起码有十几种。在正常情况下，大多数细菌不具有致病性。只有当人患了疾病，引起机体抵抗力下降，或因为患某种感染性疾病而服用大量抗生素，平时不具有致病性的细菌，就可引起口腔疾病，医学上称这种情况为菌群失调。如霉菌性口炎就是菌群失调引起的病变。因此，致病性细菌和非致病性细菌是相对的。非致病细菌不是绝对不致病。

另有学者对口腔唾液作了细菌学研究，结果发现每毫升唾液中的细菌数可达1.5亿。不过口腔唾液中的细菌数量不是恒定不变的。还有人作过这样的研究，认为人的口腔细菌数量在一天当中有几次变化，细菌数量最高是在三餐前，最低是在刷牙后。所以足以说明，保持口腔清洁卫生，特别是刷好牙，对预防口腔疾病有重要意义。